この駅は、かつて「小樽駅」を名乗ってた時期がありました。開駅当初は「開運町駅」と称し、翌年に駅舎を焼失、たまたま建築中の駅舎に移り「住吉駅」と改称しました。明治33年6月11日「小樽駅」と改めましたが、大正9年に隣駅の「中央小樽駅」を「小樽駅」と改称したため、小樽の南にあることから「南小樽駅」としました。

駅舎は崖の上にあるので、ホームから階段を上がったところになります。